מדרשת אדם נוסדה לזכרו של אמיל גרינצוויג, איש חינוך וחוקר, אשר נרצח בהפגנה שהתקיימה בירושלים ב-10.2.1983. ההפגנה נועדה למחות על אי-יישום המלצות ועדת השופט כהאן לעניין הטבח בסברה ושתילה. המפגינים צעדו ממרכז העיר ירושלים לקרית הממשלה בגבעת רם. רימון שנזרק על ידי יונה אברושמי גרם למותו של אמיל גרינצוויג ופצע 8 אחרים. הירצחו של אמיל החריד את המדינה והסעיר את ראשי הציבור אשר הוקיעו את המעשה והביעו שאט נפש מהידרדרות הדמוקרטיה וחופש הביטוי.

נפתלי רז, שהיה ידידו של אמיל, יזם והקים את המדרשה במטרה שתתמקד בחינוך לדמוקרטיה ולשלום בקרב אזרחי מדינת ישראל, על מנת שלא יישנו מקרים כאלו בעתיד. להקמה היו שותפים כארבעים אנשי חינוך, ממגזרים שונים – יהודים וערבים, דתיים וחילוניים, מהמרכז ומהפריפריה.

בדצמבר 1986 (תשנ”ז) פורסמה טיוטת תכנית ההקמה ובה פורטו שלבי ההקמה, מטרות, יעדים ודרכי פעולה:

“הקמת המדרשה תיתן מענה אפקטיבי לתופעות הקצנה. אנו מייסדים מדרשה אשר הגישה ההומניסטית – הכרת ערך האדם – טבועה בבסיס השקפת עולמה. מדרשה שתתמקד בחינוך לדמוקרטיה (בכיתה, בבית, בעדות, בשכונות, ועד רמת עמים ומדינות) ובשיטות לפתרון סכסוכים (בין הילדים לבין עצמם ועד לעמים ומדינות)”.

השם אדם” נבחר כי לתפיסת מייסדי המדרשה, ההכרה בשוויון ערך האדם היא הבסיס לקיום אורח חיים דמוקרטי ולקידום תהליכי שלום.

שנת 1987 הוקדשה לבניית התשתית הארגונית והכלכלית של המדרשה, שנרשמה כעמותה ציבורית אצל רשם העמותות בינואר שנה זו. נפתלי רז נבחר להיות מנהלה הראשון של המדרשה.

כחודש לאחר הרצח, הוקמה קרן חינוכית לזכרו של אמיל שיזמה פנייה לאמנים ישראליים להגיב בציור על הרצח. העבודות הוצגו בסדרת תערוכות ואף נהפכו להדפסים. בשנת 1987 נערכה מכירה פומבית בגלריה “מימד”, והפדיון ממכירת ההדפסים תמך ואיפשר את הקמת המדרשה.